La science infuse

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1 janvier 2014

Les articles auxquels vous avez échappé en 2013

Le crocodile, un animal si sensible : l'une des découvertes de l'année 2013.

En 2013, La science infuse vous aura raconté 24 histoires de science, fruit d'une sélection difficile (et de contraintes d'agenda) car beaucoup d'autres scientifiques se sont une fois encore surpassés pour livrer des résultats étonnants. Voici un florilège des articles auxquels vous avez échappé cette année.

Des microbes aux requins : le bestiaire 2013

Sans doute le sujet que je regrette le plus d'avoir passé à la trappe : le caca de synthèse ! Celles et ceux qui me connaissent savent qu'un sujet me passionne : le microbiote intestinal, plus connu sous le nom de flore intestinale. Derrière ce vocable se cachent des milliards de bactéries qui pullulent dans notre tube digestif. Grâce à de nouveaux outils de génétique, les chercheurs ont pu commencer ces dernières années à décrire cet écosystème bactérien. Ils ont alors découvert son extrême diversité – à la fois en termes de nombre d'espèces présentes chez un même individu et de différences entre deux individus (les microbiotes se regroupent ainsi en trois entérotypes, équivalents aux groupes sanguins) – ainsi que son impact majeur sur le métabolisme de l'hôte. Cet exemple marquant de symbiose a d'ailleurs été reconnu comme l'une des dix découvertes majeures de l'année 2013 par le magazine américain Science. Si le microbiote influence l'état de santé de l'hôte, il est vite paru intéressant de modifier sa composition pour rétablir un bon équilibre avec l'hôte : c'est le principe de ce que les chercheurs appellent la transplantation fécale. Cette nouvelle thérapie consiste à échanger la flore intestinale "pathogène" d'un individu pour celle d'un donneur sain, récoltée à partir de ses selles. Problème : l'idée de se faire injecter le contenu du tube digestif d'un inconnu semble rebuter beaucoup de personnes, freinant de ce fait le développement de cette bactériothérapie d'un genre nouveau. Pour pallier cette difficulté, des chercheurs canadiens ont proposé de fabriquer un "substitut" de selle, regroupant 33 isolats bactériens récoltés initialement dans les excréments d'une donneuse saine âgée de 41 ans puis cultivés par la suite en laboratoire. Utilisé ici pour traiter une infection par la bactérie Clostridium difficile (qui cause des diarrhées nosocomiales), ce probiotique humain a été joliment baptisé par les auteurs RePOOPulate, car les bactéries d'origine fécale vont repeupler l'intestin du malade. Les essais se poursuivent, l'étude n'ayant pour l'heure inclus que deux patients : des volontaires ?

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14 novembre 2013

Golden Blog Awards 2013 : merci !

Merci les GBA 2013 !

Les Golden Blog Awards, concours de blogs français lancé en 2010, ont remis ce 13 novembre leurs récompenses pour l'édition 2013. Et c'est votre serviteur qui a eu l'honneur de recevoir le prix dans la catégorie Science / Recherche ! Pour l'occasion, La science infuse sort exceptionnellement de sa ligne éditoriale : pas de publication scientifique plus ou moins loufoque, mais une incursion, en mode Confessions intimes, à la première personne...

Y a pas à dire, ça fait drôlement plaisir de recevoir un prix tout de même. Je n'avais absolument pas préparé de discours (vous pouvez malgré tout retrouver ma mémorable performance à partir de la 16° minute dans cette vidéo), cet article est donc l'occasion de dire les choses de façon un peu plus ordonnée que lors de la cérémonie dans le cadre splendide de la salle des fêtes de l'Hôtel de Ville de Paris. Merci tout d'abord aux jurés, parmi lesquels j'ai repéré Dominique Leglu, directrice de la rédaction de Sciences et Avenir (à ce propos, si le mensuel a besoin d'un nouveau journaliste...) et les collègues c@fetiers du Podcast Science, lauréats de l'édition 2012. Merci aussi aux internautes qui, en votant nombreux, m'ont permis de franchir la première étape du concours.

La science infuse, c'est une aventure blogo-scientifique qui a commencé en juin 2011 par un premier article sur un concours lancé par des chercheurs français pour distinguer la cellule la plus rapide. Depuis, près de 100 articles, presque autant de commentaires (même si je n'ai pas encore trouvé la potion magique pour que les visiteurs du site interagissent plus...), une participation à la première anthologie Les meilleurs blogues de science en français mis en scène par les Québecois de l'Agence Science-Presse, et j'en passe. Pour parler chiffres, c'est sur les douze derniers mois plus de 23 000 visiteurs uniques, plus de 41 000 pages vues avec des best-sellers parfois inattendus comme Un antibiotique contre le charme envoûtant des femmes, Quand Jurassic Park rencontre Les dents de la mer ou Les statistiques à l'assaut du manuscrit Voynich (d'après Google Analytics tout du moins).

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7 septembre 2013

Pour une science pleinement reproductible

Les chercheurs ne sont pas sensés utiliser d'"ingrédients secrets" mais communiquer publiquement sur leur méthodologie.

Qui n'a pas rêvé de réaliser dans sa cuisine la célèbre recette du Pudding à l'arsenic immortalisée par le dessin animé Astérix et Cléopâtre, bien entendu à des fins scientifiques afin de vérifier si ce gâteau fait réellement mal au ventre (comme la réaction d'Obélix permet d'en douter) ? Encore faut-il pour cela retrouver le venin de cobra, le vitriol ou bien entendu l'arsenic utilisé par Amonbofis et son scribe Tournevis. C'est sur ces bases que fonctionne la science : pour valider un résultat, il faut pouvoir le reproduire, ce qui implique de communiquer de façon claire sur les conditions dans lesquelles l'expérience première a été réalisée pour qu'elle puisse être répétée par une autre équipe. Dans une étude publiée par la revue PeerJ, Nicole Vasilevsky, de l'université de l'Oregon (États-Unis), et ses collègues se sont demandé si les chercheurs (en biologie) respectaient tous cette règle de base de la recherche. Les résultats sont pour le moins... décevants.

La question de la reproductibilité d'une expérience scientifique est centrale : elle a ainsi permis de démonter la théorie de la "mémoire de l'eau" avancée par Jacques Benveniste en 1988. En effet, la revue Nature avait diligenté une enquête contradictoire qui avait échoué à réitérer les expériences montrant que l'eau pourrait garder en "mémoire" les propriétés de composés chimiques ou biologiques qu'elle avait côtoyés par le passé (une théorie à la base de l'homéopathie...). Plus récemment, une étude de la compagnie pharmaceutique Amgen a montré que seuls 11 % des travaux académiques publiés avaient pu être reproduits dans leurs laboratoires. Comment expliquer ce chiffre alarmant ? En se penchant en détail sur la section "Materials and Methods", qui figure dans tout article de science expérimentale : celle-ci décrit le matériel utilisé ainsi que les protocoles mis au point pour obtenir résultats nouveaux et conclusions inédites obtenus par l'équipe rédactrice. C'est la tâche à laquelle s'est attelé l'équipe de Nicole Vasilevsky, qui a épluché 238 publications issues de 84 revues de sciences de la vie pour vérifier si les matériels utilisés étaient décrits avec suffisamment de précision pour permettre à d'autres de reproduire l'expérience de façon indépendante.

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28 décembre 2012

La science millésime 2012 : ma cuvée personnelle

La grenouille Paedophryne amauensis découverte en 2012 en Nouvelle-Guinée est le plus petit vertébré connu à ce jour.

La fin d'année approchant, les rétrospectives pleuvent, et il est agréable de voir que la science est cette année à l'honneur, notamment par l'entremise du boson de Higgs, retenu dans la short list établie par le célèbre magazine américain Time pour la "personnalité" de l'année 2012 (la rédaction lui a finalement préféré Barack Obama, déjà auréolé en 2008). Mais au-delà de cette découverte qui a outrepassé les cénacles habituels de la communauté scientifique, une multitude de travaux ont cette année encore enrichi la somme des savoirs accumulés par les chercheurs. Certains ont trouvé un écho sur ce site, choisis pour leur côté ludique ou leurs conséquences sur notre société, et d'autres sont malheureusement passés à la trappe, ou pire, ont échappé à mon attention. Il faut dire qu'il est bien difficile de faire un choix parmi la montagne d'études publiées, la revue PLoS ONE, régulièrement citée ici, ayant par exemple édité en 2012 plus de 22 000 articles ! Voici donc un bref aperçu des quelques sujets qui auraient pu être abordés cette année.

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