Retrouver un anticorps dans une botte de foin...

L'identifiabilité des matériels utilisés dépend de leur type : il est plus difficile de retrouver un anticorps qu'une souris.

Parmi les 1 700 "objets" biologiques utilisés dans les articles répertoriés, les chercheurs n'ont pu en identifier de façon certaine qu'un peu plus de la moitié (54 %). La proportion de matériels identifiables à partir des informations fournies par les auteurs des publications varie selon leur nature. Au rayon des bons élèves, les organismes (souris, mouches, levures ou poissons zèbre) et les réactifs permettant l'extinction de gènes. Par ce terme, on désigne les morpholinos ou les ARN interférents qui bloquent l'expression d'un gène et donc la synthèse de la protéine associée (à ce sujet, je vous recommande l'excellent article de Pierre Barthélémy sur les mécanismes épigénétiques sur lesquels repose la prochaine génération d'OGM). Parmi les matériels plus difficilement identifiables par le lecteur attentif d'une publication scientifique, on retrouve les anticorps, souvent utilisés pour reconnaître une molécule d'intérêt dans une cellule (seuls un quart des anticorps sont identifiés par leur référence de catalogue, pourtant disponible auprès des fournisseurs), les lignées cellulaires (dont il est de toute façon difficile de garantir l'origine en raison de nombreuses contaminations au cours de leur exploitation) et surtout les constructions ADN, dont seules un quart sont identifiables de façon certaine, par leur séquence intégrale.

L'analyse de ces résultats montre que les revues les plus prestigieuses (distinguées par un fort facteur d'impact) sont également touchées par cette difficulté à identifier les matériels utilisés par les auteurs des publications. Ce sont même celles qui ont les consignes à ce sujet les moins contraignantes (les articles publiés dans Nature ou Science sont courts, et la section Materials et Methods en fait souvent les frais). Si certaines revues imposent des normes plus strictes, comme le Journal of Comparative Neurology, ces règles ne sont pas toujours contrôlées de façon énergique par les reviewers qui évaluent l'article pour publication. Pour Nicole Vasilevsky et ses collègues, "le manque de prise de conscience et les difficultés à coordonner l'action des parties prenantes sont à l'origine du problème".

Les auteurs de cette étude, qui cherchent autant à observer la situation actuelle de la recherche en sciences du vivant qu'à interpeller les acteurs du domaine, insistent : "Nous sommes convaincus qu'à moins que les chercheurs puissent accéder aux matériels de recherche spécifiques utilisés dans les études publiées, ils continueront à reproduire avec difficulté les découvertes de leurs pairs et à les prolonger par d'autres travaux." En effet, si la publicité des données et des codes est une étape cruciale (comme l'illustrent le site RunMyCode ou Thomas Piketty, qui rend publiques toutes les données utilisées pour son dernier livre, Le capital au XXIe siècle) pour reproduire l'analyse des résultats ou de les utiliser pour d'autres travaux, il est tout aussi important de s'assurer que les données rendues publiques puissent elles aussi être reproduites. Il faut donc soutenir les diverses initiatives qui permettent d'avancer dans ce domaine en facilitant l'identification des matériels biologiques, parmi lesquelles BioSharing, eagle-i ou Antibody Registry qui proposent des systèmes d'identifications universels pour faciliter la communication entre laboratoires. Car la confiance dans la recherche et ses découvertes dépend avant tout de son ouverture et de sa transparence, gage de sa falsificabilité chère à Karl Popper.

Source : N.A. Vasilevsky, On the reproducibility of science: unique identification of research resources in the biomedical literature, PeerJ, 5 septembre 2013.

Crédit photo : Amarand Agasi - Flickr (CC BY-NC-SA 2.0).


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