Un microbiote aussi frileux que son hôte

Dessine-moi un poisson.

Les chercheurs ont obtenu par croisements successifs deux types de poissons, l'un plus frileux et l'autre plus résistant au froid. Ils ont ensuite soumis ces deux familles de tilapia à deux environnements distincts : un bain à 24°C (température habituelle pour ces poissons) et un autre à un bain refroidissant progressivement jusqu'à 12°C. Première constatation : un bain froid modifie le microbiote des poissons. Celui-ci est moins abondant et moins diversifié, avec la perte significative de plusieurs familles de bactéries. Les microbiologistes ont également observé que cette "douche froide" entraînait l'essor de certains phylums bactériens, précédemment identifiés pour leur potentiel de survie à des basses températures.

Là où l'étude israélienne devient originale est lorsqu'elle observe ces changements microbiotiques chez chacune des deux familles de poissons, plus ou moins sensibles au froid. Par toute une série d'analyses statistiques mesurant la diversité du microbiote, la similarité de sa composition chez différents individus soumis aux mêmes conditions expérimentales, sa stabilité lors de la baisse de température, ou encore les modifications subies par certains familles particulières de bactéries, ils ont pu montrer que les poissons les plus sensibles au froid voient leur microbiote changer de façon plus drastique lorsqu'ils sont soumis à une baisse de température. En d'autres termes, plus le poisson est frileux, plus son microbiote est modifié profondément par une vague de froid ! Les microbiologistes israéliens ont ainsi montré que le bagage génétique de l'hôte influence la composition du microbiote qu'il héberge, et que la réponse de l'hôte à un stress environnemental et celle de son microbiote sont liées. Ces constations vont bien dans le sens d'une co-évolution du couple hôte-microbiote face au froid, et renforce l'hypothèse d'un holobionte qui a évolué conjointement. Reste à déterminer dans quel sens cette relation réciproque s'est établie, et si c'est le poisson frileux qui a provoqué des changements dans son microbiote, ou bien si c'est un microbiote plus adapté au froid qui a entraîné une adaptation du poisson.

Source : F. Kokou et al., Host genetic selection for cold tolerance shapes microbiome composition and modulates its response to temperature, eLife, 20 novembre 2018.

Crédit photo : Rusty Clark - Flickr (CC BY 2.0).


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